Základem činnosti PS IBD jsou pravidelná jednání skupiny konaná 3-4krát ročně. Na nich jsou projednávány organizace a programy odborných a vzdělávacích akcí organizovaných PS IBD nebo těch, na nichž Pracovní skupina participuje, projednávány jsou také odborné otázky a stanoviska PS IBD k aktuálním problémům v oblasti IBD. V neposlední řadě jsou jednání věnována formulaci doporučení Pracovní skupiny k různým formám terapie střevních zánětů. Z každého jednání je pořizován zápis.
